1999년 4월 5일 가톨릭 신학대학 영성신학 교수로 계시던 이문주 프란치스코 신부님이 제 16대 본당 주임신부로 부임하셨다. 전임 소원석 신부께서 신축해 놓으신 교육관 및 사무실을 99년 4월 21일 축복하셨다. 2000년 대희년을 맞이하는 서울대교구의 행사와는 별도로 가회동 본당은 50주년 대희년을 자체적으로 맞이하는 특별한 한 해를 준비하였다. 새로 부임하신 이 신부님은 신앙의 활성화를 위해 전 교우를 대상으로 '성서백주간'을 시작하셨고, 특별히 '성목요회'를 조직하여 봉사자 자신들이 직접 장만한 음식을 매 주일 11시 교중미사 후 전 교우를 대상으로 점심식사를 제공하는 나눔의 잔치를 시작하였고, 전 신자 가정방문을 실행하여 신자 개개인의 면담을 통한 영성지도에 착수하였다. 뿐만 아니라, 그동안 기성세대에 가려서 실체가 잘 드러나지 않던 청소년 사목에 특별히 관심을 가지시고 청년회 부활을 시점으로 젊은이들의 영성지도를 위해 '청년 성서백주간'을 조직하셨다.


2004년 최승정 베네딕도 신부님께서 17대 본당 주임신부님으로 부임하셨다.최 신부님은 2010년 까지 본당 사목을 수행하시면서 성분도 복지관에서 야외미사를 개최하였으며, 본당 윷놀이 대회, 60주년 기념 구역별 노래자랑 등의 다양한 사목으로 신자들의 신심을 하나로 모으셨다. 2011년 6월 개최된 4지구 한마음 체육대회에서는 초등학생부터 90대의 할머니들까지 한마음으로 경기에 참여하고 응원하여 종합우승을 하는 저력을 보였다.


2010년 2월 23일 본당 재건축의 소임을 받으시고 서울대신학교에서 현대영성 신학교수로 계시던 송차선 세례자 요한 신부님이 18대 본당 주임사제로 부임하시어 본당 재건축에 열정을 쏟으셨다. 2013년 11월 21에 완공된 새 성전은 2014년 4월 20일 부활대축일에 서울교구장 염수정 추기경님에 의하여 축성되었다.