해방을 맞이하여 명동 본당의 공소였던 가회동 구역에 새로운 본당 설립의 계획이 세워진다. 당시 이 구역을 맡고 있던 임병팔 회장을 중심으로 방 하나를 얻어 공동체를 형성하고 자체 모임을 가졌다. 1949년, 현재의 본당 터에 살고 있던 전길헌 마리아가 가옥의 일부를 증여하고 나머지는 신자들의 봉헌금을 모아 구입하여 첫 본당 부지가 확보되었다. 이어서 같은 해 6월에 명동 본당의 장금구 주임신부를 모시고 첫 미사를 봉헌한 후, 9월 하순에 본당을 설립했다. 

  6.25 전쟁이 끝난 후 재사용이 불가하게 된 가옥을 철거하고 주한미군 민간원조단의 원조를 받아 성당 신축공사를 시작하여 1954년 12월 3일 성프란치스코 하비에르 본당 주보성인 대축일에 노기남 대주교의 집전으로 축성미사를 봉헌하였다. 하지만 세월이 지남에 따라 성전이 낡아 2010년에 안전진단 검사 끝에 2011년에 새 성전 공사를 시작하였다. 2년 여의 기간을 거쳐 2013년 11월 21일 준공되었고, 준공 3일 후인 24일(그리스도왕대축일)에 입주하여 입주미사를 봉헌하였다. 현재의 새 성전은 2014년 4월 20일 부활대축일에 서울교구장 염수정 추기경님에 의하여 축성되었다.